В игре Watch Dogs 2 есть набор основных миссий, задания для подготовки к ним и побочные квесты. По структуре ключевые операции напоминают ограбление в GTA 5 и убийства в Assassin’s Creed 2[3]. Однако, в отличие от протагонистов перечисленных игр, герои здесь являются не преступниками или убийцами, а хакерами. Поэтому Watch Dogs 2 подразумевает стелс-прохождение, хотя в игре не исключено применение оружия. Для выполнения задания игроку не навязывается единственно правильное решение, а как в «песочнице» предоставляется свобода выбора, заявленную цель можно достичь несколькими способами. Разнообразию действий способствует дизайн уровней, позволяющий до одной и той же локации добраться разными путями.