В Assassin’s Creed Odyssey делается ещё больший упор на ролевую составляющую, чем в предыдущих играх серии. В игре присутствует интерактивная система диалогов, нелинейные квесты, различные концовки и возможность завести роман с персонажами любого пола, вне зависимости от пола игрока. Игрок может выбрать пол своего персонажа. В отличие от Assassin’s Creed Syndicate переключаться между персонажами нельзя, выбор делается лишь раз в начале игры. Также он носит косметический характер и никак не повлияет на сюжет или геймплей. Главные герои — Алексиос и Кассандра, брат и сестра, являющиеся наёмниками (мистиями) и потомками спартанского царя Леонида. Они сражаются, используя клинок копья своего предка, который наделяет их в бою особыми способностями. Система развития персонажа представляет собой три древа способностей: ассасина, концентирующегося на скрытности, воина с упором на боевые навыки и охотника, позволяющего лучше стрелять из лука. Доступны различные элементы снаряжения — нагрудники, пояса, шлемы, ботинки и наручи, которые можно комбинировать между собой и улучшать. Функцию орлиного зрения у главных героев подобно Байеку из Assassin’s Creed Origins выполняет ручной орёл Икар. Уровень врагов теперь увеличивается вместе с уровнем персонажа. Вернулась шкала известности — при совершении преступлений на глазах у других она будет расти, и игрока могут объявить в розыск.